Det bevisar att kunskapen om amputation och kirurgi har funnits betydligt längre än man trott, skriver forskarteamet som arbetat med upptäckten i tidskriften Nature.
Det ovanligt välbevarade skelettet hittades för två år sedan i grottan Liang Tebo, känd för sina 40 000 år gamla väggmålningar, på ön Borneo i Indonesien. Bara vänster fot och fotled saknades.
Nu kan forskarteamet konstatera att lederna tagits bort avsiktligt. Det kan man se på benet som är kvar. Stumpen var i förvånansvärt välbehållet skick och ett tydligt snitt visar att benet hade amputerats.
Andra orsaker, som en attack från ett djur eller att benet skulle krossats, hade inneburit frakturer och en helt annan läkning, skriver forskarna.
En tand avslöjar att skelettet troligen tillhörde en människa som dog i 20-årsåldern.
Den nya upptäckten visar att detaljerad kunskap om människans anatomi och muskel- och kärlsystem fanns redan för 31 000 år sedan. Det är betydligt tidigare än den tidigare äldsta kända amputationen, som observerats på ett 7 000 år gammalt skelett som hittats i Frankrike.