Indonesiska myndigheter har nu ändrat sig och kommer att låta flyktingarna stiga i land.
– Beslutet fattades efter att ha övervägt den nödsituation som flyktingarna ombord befinner sig i, säger Armed Wijaya, talesperson för regeringen.
FN har uppmanat Indonesien att låta rohingyerna, däribland många barn, gå i land efter att båten befunnit sig till havs i flera dagar utanför landets västligaste provins Aceh. Enligt FN:s flyktingorgan UNHCR tog båten in vatten och det fanns risk att den skulle kapsejsa på grund av det hårda vädret.
Över 700 000 rohingyer flydde 2017 från Rakhine i västra Myanmar, efter att landets armé inlett en massiv offensiv riktad mot folkgruppen. Många lever i dag i flyktingläger i Bangladesh. FN har kallat offensiven "ett skolboksexempel på etnisk rensning".