I ett försök att bromsa utvecklingen införs skärpta restriktioner i 29 områden där smittspridningen är hög, bland annat i huvudstaden Jakarta.
Den nya reglerna gäller i två veckor och innebär bland annat att den tillåtna kapaciteten för kaféer och restauranger sänks till 25 procent.
Ökningen av antalet fall kan sannolikt förklaras av det utbredda resandet under högtiden id al-fitr och spridningen av deltavarianten av viruset, enligt hälsoexperter.