Homosexuella relationer är förbjudna i den sydostasiatiska nationens militär och klassas som "onormalt sexuellt beteende".
Den 29-åriga soldaten som var baserad på den indonesiska delen av ön Borneo sparkas också ut ur armén, enligt domslutet från en militärdomstol i mitten av juli. Beslutet blev offentligt denna vecka.
Domslutet beskriver i detalj soldatens relation till en annan soldat som var kallad som vittne i målet.
Händelsen är långt ifrån unik. I juli dömdes en soldat i den indonesiska flottan till fem månaders fängelse för att ha haft sex med en annan manlig militär.
Minst 15 medlemmar i Indonesiens militär eller polis har fått sparken för homosexuella relationer de senaste åren, enligt Amnesty International.
Även om homosexuella relationer är förbjudna i det militära är de tillåtna i det civila i världens största muslimska nation, så när som på i en av landets provinser. Men omfattande diskriminering förekommer och flera homosexuella indonesier har gripits för brott mot landets antipornografi-lag.