En varning för potentiellt farliga tsunamivågor utfärdades och folk uppmanades att hålla sig borta från regionens kustområden, men varningen kunde efter en dryg timme dras tillbaka.
Jordbävningen inträffade i Floreshavet klockan 04.20, svensk tid, på 18,5 kilometers djup och runt 100 kilometer norr om staden Maumere.
Det finns ännu inga rapporter om dödsfall eller skador, men boende ska ha känt kraftiga skakningar och tv-bilder visar människor som flyr från byggnader.
Så sent som i januari i år miste över 100 människor livet och nästan 6 500 skadades i ett skalv som mätte 6,2 vid den indonesiska ön Sulawesi.