Sanden kom på morgonen och försvann på eftermiddagen. Dålig sikt gjorde att trafiken på Bagdads internationella flygplats stoppades. Även flyg på flygplatsen i Najaf ställdes in.
Stormen är den tionde som drabbat Irak sedan mitten av april. I de tidigare sandstormarna har en person dött och tusentals tvingats uppsöka sjukhus med andningsproblem.
Irak, som är på väg in i sommarsäsongen med temperaturer upp mot 50 grader, rankas av FN som ett av världens fem mest sårbara länder för klimatförändringar och utvidgning av öknar.
Miljödepartementet bedömer att Irak under de kommande 20 åren kan utsättas för sandstormar i snitt 272 dagar om året. År 2050 beräknas det vara över 300 dagar.
President Barham Salih varnade tidigare i juni för att kampen mot klimatförändringen måste bli en "nationell prioritet" eftersom den utgör ett "existentiellt hot mot kommande generationer".
Enligt Världsbanken kan Irak ha förlorat 20 procent av sina vattentillgångar vid 2050 på grund av klimatkrisen, något som förvärras av dammbyggen i Turkiet och Iran.