Också flygplatsen i Najaf, 14 mil söder om huvudstaden, har drabbats av väderfenomenet som blivit allt vanligare i Irak.
Den tjocka, orange och grå luften i Bagdad väntas lättas upp först på torsdagen.
– Dammet påverkar hela landet, men framförallt regioner i centrala och södra Irak, säger Amer al-Jabri på landets meteorologiska institut.
Irak är särskilt känsligt för klimatförändringar och har upplevt rekordlåga regnnivåer och höga temperaturer de senaste åren, och tidigare i april varnade landets miljömyndighet för att Irak kan ha "272 dagar av damm" om året de kommande årtiondena.
En lösning på problemet kan enligt Iraks miljödepartementet vara att öka växtligheten och att sätta skog som kan fungera som vindskydd.