– Ju förr ni utför denna uppgift och plikt desto bättre, sade den 81-årige Khamenei då han lade sin röst på morgonen.
Vallokalerna hålls öppna ända till midnatt (21.30 svensk tid).
– Allting som det iranska folket gör under dagen och kvällen, genom att gå till vallokalerna och rösta, tjänar till att bygga deras framtid, fortsatte Khamenei.
De konservativa dominerar när landet väljer ny president under fredagen. Flera av de kandidater som har godkänts av väktarrådet har hoppat av, vilket ytterligare stärker den favorittippade Ebrahim Raisis position.
Få bedömare väntar sig något annat än att den ultrakonservative Raisi, chef för rättsväsendet, tar hem segern och efterträder den avgående presidenten Hassan Rohani. Hans främsta utmanare är den tidigare centralbankschefen Abdolnaser Hemmati, den enda icke-konservativa kandidaten som är kvar.
Förtroendet för regimen är lågt på grund av den ekonomiska krisen – och bristen på alternativ i valet gör att många iranier manar till bojkott.
– Alla vet att Raisi kommer att bli nästa president, så det finns ingen anledning att ha ett val om honom, säger Teheranbon Mohammad Sarabi till NPR.
Resultatet väntas på söndag. Får ingen mer än 50 procent av rösterna hålls en andra omgång mellan de två toppkandidaterna den 25 juni.