Majid Kazemi, Saleh Mirhashemi och Saeed Yaghoubi dömdes i en summarisk rättegång och ansågs skyldiga till moharebeh – krig mot Gud – samt anklagades för att ha dödat medlemmar i Irans säkerhetstjänst vid protester i staden Ishafan i november.
Dödsdomarna fördömdes i flera västerländska huvudstäder. EU:s utrikeschef Josep Borrell fördömde avrättningarna "i skarpast möjliga ordalag".
Antalet avrättningar i Iran har ökat kraftigt det senaste året.
Enligt Irans myndigheter har sju personer avrättats för brott i samband med de omfattande regimkritiska demonstrationer som genomförts i landet. Protesterna utlöstes när den den 22-åriga Amini dog efter att ha gripits av moralpolis i Teheran då hon ansågs ha burit sin sjal på felaktigt sätt. Polis hävdar att hon dog av en hjärtattack, vilket hennes familj bestrider.