Enligt den statliga nyhetsbyrån Irna inträffade attacken sent på lördagen och orsakade mindre skador på anläggningens tak. Inga människor ska ha skadats.
Enligt försvarsdepartementet var det tre drönare som avfyrades mot anläggningen. Två av dem ska ha skjutits ned av landets luftvärn.
Departementet var sparsamt med detaljer om attacken och har inte angett vem som kan ha legat bakom den.
Man har inte heller lämnat några ytterligare upplysningar om den anläggning som besköts. Försvarsdepartementet har endast sagt att det är en tillverkningsanläggning men inte berättat vad som tillverkas där.
I Isfahan som ligger omkring 35 mil söder om Teheran, finns bland annat en flygbas och kärnbränsleforskning och produktion.