Enligt ett uttalande är handlingen en straffåtgärd efter en icke-definierad "överträdelse".
Iran hotade redan tidigare under fredagen med någon form av åtgärd efter att grekiska myndigheter på USA:s begäran förra månaden stoppat en iransk tanker.
Greklands utrikesdepartement har kallat upp den iranske ambassadören i landet och formellt klagat på Irans agerande och säger att det i praktiken är en pirathandling.
Den iranska tanker som stoppats i Grekland hölls i mitten av april kvar efter att ha lagt till vid staden Karystos på ön Evia.
Tankern var ryskflaggad och hade rysk besättning och stoppades eftersom det fanns misstankar om att den bröt mot sanktioner riktade mot Ryssland. Efter att ha släppts låg tankern kvar utanför Karystos och bytte i maj till iransk flagg.
I veckan kom sedan uppgifter om den olja tankern transporterade, enligt grekiska medier mer än 100 000 ton iransk råolja, på amerikansk begäran förts över till ett annat fartyg.