Mannen avled under en konfrontation med fängelsetjänstemän precis före den planerade avrättningen, uppger den Norgebaserade människorättsorganisationen Iran Human Rights (IHR).
Enligt obekräftade uppgifter till organisationen ska myndigheterna ha hängt honom, trots att han redan var död, för att förhindra juridiska problem för fängelsevakterna.
Den dömda mannen skulle avrättas i söndags tillsammans med en annan man i ett fängelse i Zahedan i provinsen Sistan och Baluchistan i sydöstra delen av landet. En lokal nyhetssajt rapporterar mannen ska ha motsatt sig avrättningen, varpå han blev slagen i nacken "med ett vasst föremål".
De iranska myndigheterna har inte bekräftat att avrättningen har ägt rum. De flesta hängningar rapporteras inte i landets nyhetsmedier.
I fjol registrerades över 300 avrättningar i Iran, vilket är fler än i något annat land i världen, enligt Amnesty International – dock är sådan information inte är tillgänglig för Kina, där organisationen tror att avrättningarna kan uppgå till tusental.
Enligt IHR ska omkring 460 personer ha avrättats i Iran hittills i år.