Kamerorna används av IAEA som en del av övervakningen av Iran och om landet följer kärnenergiavtalet från 2015.
IAEA-chefen Rafael Grossi säger att uppgifterna innebär en "allvarlig utmaning" för organisationens arbete i Iran. Om en lösning inte nås inom tre eller fyra veckor kommer det innebära ett "dödligt slag" mot verksamheten, enligt Grossi.
– Vi befinner oss i en väldigt spänd situation, sade han.
Redan på onsdagen uppgav IAEA att Iran monterat ner ett antal av organisationens kameror på sina kärnanläggningar, men den exakta omfattningen var då inte känd. Iran hävdar att nedmonteringen beror på att kamerorna inte ingår i avtalet och bara tilläts sitta uppe som ett tecken på landets goda vilja, men att IAEA tolkat den frivilliga gesten som att kamerorna var obligatoriska.
Omkring 40 kameror i Iran är ännu i bruk, enligt Grossi.