Fångarna – elva män och en kvinna – hade dömts för antingen mord eller drogrelaterad brottslighet och avrättades under måndagen genom hängning i fängelset i staden Zahedan, som ligger nära gränsen mot Pakistan och Afghanistan.
Enligt IHR var samtliga balucher, en etnisk minoritet där merparten bekänner sig till sunnigrenen av islam till skillnad från det annars shiadominerade Iran.
Ingen av avrättningarna har rapporterats i inhemska medier och inte heller bekräftats från myndighetshåll.
Människorättsaktivister har under lång tid larmat om att de religiösa och etniska minoriteterna i Iran straffas med döden i oproportionerligt hög utsträckning.
"Data som Iran Human Rights stamanställt visar att 21 procent av dem som avrättades 2021 var balucher, trots att denna grupp bara utgör 2 till 6 procent av landets befolkning", säger IHR i ett uttalande.
Enligt siffror från Amnesty International verkställdes minst 314 dödsstraff i Iran förra året, en ökning med 28 procent jämfört med 2020. Amnesty har dock flaggat för att det verkliga antalet avrättningar sannolikt var högre än så.