Bilden som liknar ayatolla Ali Khamenei tilldrog sig myndigheternas missnöje efter att ha tryckts på framsidan av lördagsutgåvan av tidningen Kelid, vid rubriken "Miljoner iranier lever under fattigdomsgränsen".
Klubben för unga journalister, en organisation med kopplingar till Irans statstelevision, hade tidigare rapporterat att censorer tittar närmare på utgåvan efter publiceringen.
Kelid har inte kommenterat händelsen, och tidningens webbplats ligger nere.
Samtliga radio- och tv-kanaler är statskontrollerade i Iran. Tidningar och tidskrifter kan ägas och ges ut av privatpersoner, men journalister är föremål för omfattande trakasserier och löper ständigt risk att gripas.