Facket kallar till strejk från söndag till måndag i ett svar till regimens våldsamma behandling av demonstranterna, som enligt Amnesty International tagit minst 23 barns liv.
"Vi vet mycket väl att militären och säkerhetsstyrkor och civilklädda (poliser) har våldfört sig på skolor och utbildningscentrum", skriver fackförbundet Samordnat råd för lärarsyndikat i ett uttalande på Telegram.
"Under det här systematiska förtrycket har de hänsynslöst tagit livet av ett antal elever och barn", fortsätter man.
En framstående iransk ayatolla ger sitt stöd till rätten att protestera mot regimen. Javad Alavi-Boroujerdi säger i ett uttalande som återges av nyhetsbyrån Shafaqna att "folket har rätt att kritisera ledaren för det muslimska samhället, vare sig kritiken är berättigad eller inte".
"Folket har någonting att säga, och de står inte bakom det ni gör", säger Alavi-Boroujerdi och riktar sig till de iranska myndigheterna.
Protestvågen bröt ut i mitten av september efter att 22-åriga Mahsa Zhina Amini dött i moralpolisens förvar, anklagad för att inte ha burit den obligatoriska slöjan korrekt.
Unga kvinnor, universitetsstudenter och skolflickor har utgjort en stor del av de många iranier som tagit sig till gatorna och tagit av sig sina sjalar, ropat regeringskritiska ramsor och konfronterats av säkerhetsstyrkor.
Vidare skriver facket att ett stort antal lärare har gripits utan att delges brott, att förbundet inte tolererar "dessa grymheter och tyranni", att man stöttar protesterna och fördömer dödandet.