Pirouz, som var tio månader gammal, var den sista överlevande ungen från en kull om tre individer.
– Jag ber om ursäkt å hela mitt arbetslags vägnar eftersom vi misslyckades med att rädda hans liv, säger Omid Moradi, chef för ett av Teherans djursjukhus, till den statligt kopplade iranska nyhetsbyrån Tasnim.
Pirouz och hans två syskon var de första asiatiska geparderna som föddes i fångenskap i Iran och deras födslar följdes noggrant av landets miljömyndighet.
Iran har länge försökt rädda den hårt utsatta arten och man får kontinuerligt stöd av FN för sina insatser.
Den asiatiska geparden, som är kusin till det lika snabba afrikanska kattdjuret, fanns en gång i tiden i ett vidsträckt område från Röda havet till Indien. Men numera för arten en tynande tillvaro. På 1990-talet fanns omkring 400 individer i Iran – i dag handlar det om blott 50–70 stycken till följd av bland annat tjuvjakt, brist på gaseller och ingrepp i dess naturliga utbredningsområden.