De tre männens greps i november och dömdes i januari till döden för att ha dragit vapen under en demonstration i staden Isfahan, enligt det iranska rättssystemets sajt Mizan. Det ska ha lett till att en polis och två personer i frivilligmilisen Basij dödades.
Männen anklagades också för att vara medlemmar i "olagliga grupper med syftet att störa nationell säkerhet och samverkan som leder till brott mot den inre säkerheten", enligt Mizan.
Människorättsorganisationer har rapporterat att de tre männen som nu avrättats utsattes för tortyr och tvingades till tv-sända erkännanden.
Protestvågen som kom i höstas efter den 22-åriga Mahsa Zhina Aminis död i den iranska moralpolisens förvar kallades av myndigheterna i Teheran för ett "upplopp".