Enligt myndigheten sker utbrottet i vulkanen Litli-Hrútur omkring tre mil sydväst om Reykjavik. Rök ska stiga i nordvästlig riktning.
Videoklipp som cirkulerar i lokala medier visar ett massivt rökmoln som stiger upp från marken och ett kraftigt lavaflöde.
Lavan bröt igenom marken klockan 18.40 svensk tid, bara några kilometer från två tidigare utbrott under de senaste två åren.
– Det är tre sprickor med lava som flödar i princip åt alla håll, säger Thorvaldur Thordarson, professor i vulkanologi vid Islands universitet.
Sprickorna ska vara omkring 200 till 300 meter långa och enligt Thordarson handlar det om ett "utbrott med låg intensitet".
Enligt honom betyder det att utbrottet inte utgör något omfattande hot. Men "om utbrottet fortsätter tillräckligt länge kan det vara ett hot mot infrastrukturen".
Det första utbrottet i området inträffade i mars 2021 och varade i sex månader. Det senare startade i augusti 2022 och varade i tre veckor. Utbrotten lockade hundratusentals besökare.
Före vulkanutbrottet 2021 hade regionens vulkansystem slumrat i 800 år. Experter tror att den nya cykeln med ökad aktivitet kan pågå i flera år.
Tidigare i veckan varnade myndigheten för ett utbrott kunde inträffa efter att tusentals jordskalv registrerats i området kring huvudstaden.
Skalven startade i tisdags under vulkanen Fagradalsfjäll på Reykjaneshalvön.