Landet överväger att deportera 1 000 eritreaner, enligt premiärministern.
Netanyahus uttalande kommer dagen efter att hundratals anhängare till den eritreanska regimen och oppositionella landsmän drabbade samman. Över 160 personer rapporteras ha skadats i konfrontationerna.
– Vi vill ha skarpa åtgärder mot upprorsmakarna, däribland omedelbar deportering av dem som deltog, sade Netanyahu under ett extrainkallat regeringsmöte.
Han begärde då att ministrarna skulle presentera planer "för avlägsnandet av alla andra illegala infiltratörer".
Israel kan inte enligt internationell rätt tvångsförflytta migranter tillbaka till ett land där deras liv eller frihet riskeras. Netanyahu sade på söndagen att han inte tror att det skulle vara något problem att deportera anhängare till den eritreanska regimen.