En av dem ska knivbeväpnad ha tagit sig in i bosättningen Tekoa i södra Västbanken och där ha skjutits av en invånare, enligt militären. Enligt palestinska uppgifter sköts han till döds.
Den andre ska ha "oskadliggjorts" av israeliska styrkor när han utan tillstånd att ta sig in i Israel attackerade en polis utanför Jerusalems gamla stad.
En palestinier dödades då han försökte ta sig in i Israel vid norra Västbanken, uppger militären.
Oroligheterna började några timmar efter att två palestinier gripits, misstänkta för att ha dödat tre personer i en yxattack i israeliska Elad i torsdags.
Yxdådet var den sjätte dödliga attacken mot israeler sedan den 22 mars. Sammanlagt har 18 människor dödats sedan dess.
Palestiniernas president Mahmud Abbas har fördömt yxdådet och varnat för att mordet på israeliska civila riskerar att underblåsa en större våldscykel. Den palestinska terrorstämplade rörelsen Hamas har däremot hyllat attacken.