Det sker efter en dom i Högsta domstolen. Domstolen slog häromdagen fast att Deri, från det ultraortodoxa partiet Shas, är diskvalificerad för uppdraget på grund av att han förra året dömdes för skatteflykt.
"Det är med tungt hjärta, stor sorg och olustkänslor som jag måste be dig avgå" sade Netanyahu till Deri vid regeringssammanträdet, enligt ett uttalande från premiärministerns stab.
Netanyahus nya regering benämns som den mest högerorienterade, alternativt ultrakonservativa, landet har upplevt. Den har redan ett spänt förhållande till Högsta domstolen, vars makt regeringen vill minska rejält. I helgen demonstrerade tiotusentals runt om i landet i protest mot att regeringen vill ändra lagen så att parlamentet kan överpröva domstolens beslut med enkel majoritet.