Skjutningen skedde vid en israelisk bosättning i närheten av den palestinska staden Nablus.
– Soldaterna öppnade eld enligt rutin, och en av de misstänkta blev skadad. Det upptäcktes senare att de var israeliska medborgare som var maskerade, säger armén.
Händelsen inträffade dagen efter att två israeler, en far och en son, blev skjutna till döds i den palestinska staden Huwara, söder om Nablus. Israeliska styrkor har därefter sökt efter misstänkta gärningsmän i området.
Den senaste tiden har det förekommit en rad attacker från palestinier mot israeliska mål, liksom upprepade räder från israeliska bosättare och den israeliska armén mot palestinska samhällen.
I år har minst 218 palestinier och ett 30-tal israeler dött till följd av konflikten, enligt en sammanställning från AFP.