Tusentals muslimer hade samlats vid al-Aqsamoskén på Tempelberget för att fira ramadan när oroligheterna bröt ut på fredagsmorgonen.
Uppgifterna om antalet skadade går isär. Enligt den palestinska vårdorganisationen Röda halvmånen vårdas över 150 personer för skador. Skadorna sägs ha blivit orsakade av gummikulor, slag eller distraktionsgranater.
Från israeliskt håll meddelas att tre poliser har skadats. Nyhetsbyrån AFP:s fotograf på plats berättar att omkring 100 palestinier kastade saker mot polisstyrkorna.
"Tvingades gå in"
Israels utrikesdepartement gör gällande att "tiotals maskerade män" med palestinska flaggor och Hamasflaggor samlades vid al-Aqsamoskén tidigt på fredagsmorgonen, för att sedan börja skjuta fyrverkerier och kasta sten mot den så kallade Klagomuren, som är en del av Tempelbergets stödmur och för judar den heligaste plats där de kan samlas och be.
"Polisen tvingades gå in på området för att skingra folkmassan och ta bort stenarna och förhindra ytterligare våld", skriver det israeliska departementet på Twitter.
Palestinier ser alla typer av större polisansamlingar vid moskén som en stor provokation.
Hundratals misstänkta har gripits enligt polisen som säger att moskén öppnats igen och att fredagsbönen under dagen kunde återupptas som vanligt. Tiotusentals besökare väntas under dagen.
Tempelberget hålls som heligt av både judar och muslimer och är sedan lång tid tillbaka en brännpunkt i Mellanösternkonflikten, och som sådan en av de mest omstridda religiösa platserna i världen.
Blodiga dåd och räder
Fredagens drabbningar följer på tre våldsamma veckor i regionen.
Palestinska gärningsmän har utfört fyra blodiga dåd på israeliskt territorium, där totalt 14 människor dödats. Det senaste skedde i Tel Aviv i förra veckan, där en palestinsk man öppnade eld på en bar och dödade tre personer innan han själv blev ihjälskjuten.
Israels armé har genomfört räder på Västbanken i princip dagligen, vilket lett till sammandrabbningar.
Minst 25 palestinier har dödats. Några av dem är gärningsmännen i våldsdåden, några är personer som har deltagit i drabbningar med israelisk militär och några är obeväpnade civila som hamnat i skottlinjen. Några är unga tonåringar.
Den muslimska fastemånaden ramadan sammanfaller i år med pesach, den judiska påsken.
Förra året resulterade konfrontationer mellan palestinier och israelisk militär under ramadan i ett elva dagar långt krig mellan Israel och islamiströrelsen Hamas som styr i Gaza.
