En av dem är enligt myndigheterna Zakaria al-Zubeidi, som tidigare varit ledare för al-Aqsas martyrbrigader i Jenin på den ockuperade Västbanken.
Rymningen gjordes genom en tunnel som hade grävts under ett handfat, enligt ett uttalande.
Larmet gick vid klockan 3 på natten lokal tid då invånare såg "misstänkta" personer på fält i närheten av fängelset. Säkerhetsstyrkor söker efter rymlingarna.