Ami Eshed meddelade under onsdagen att han lämnar den israeliska polisen efter vad han beskriver som "politiskt tryck". Eshed har regelbundet befunnit sig på kollisionskurs med landets hårdföre nationella säkerhetsminister Itamar Ben-Gvir, som har krävt att polisen ska inta en hårdare attityd mot de månadslånga protesterna mot regeringen.
– Jag betalar ett oacceptabelt högt personligt pris för mitt val att avvärja ett inbördeskrig, säger Eshed i ett uttalande, enligt AP.
De tusentals flaggviftande demonstranterna har stoppat all trafik på motorvägen och tänt flera brasor, samtidigt som polisen med hjälp av vattenkanoner försöker trycka tillbaka folkmassorna.
Tiotusentals israeler har protesterat sedan premiärminister Benjamin Netanyahus nya regering i januari tillkännagav planer på att se över landets rättssystem.
Ben-Gvir säger i en kommentar till polischefens avgång att "politik har infiltrerat de främsta leden av polisstyrkan" och att Eshed gjort en "fullständig kapitulation" till vänstern.