Säkerheten var förstärkt i samband med begravningen av den 51-åriga palestinsk-amerikanska reportern Shireen Abu Akleh.
Begravningståget gick från ett sjukhus i östra Jerusalem till en katolsk kyrka i Gamla staden.
Tv-bilder visar hur tumult bröt ut vid sjukhuset när israelisk polis gav sig in i folkmassan för att ta ned palestinska flaggor. Poliserna slog med sina batonger och i kaoset tappade kistbärarna tillfälligt taget om kistan, som var draperad i en palestinsk flagga.
Polisen kritiseras
Den israeliska polisen uppger att personer i folkmassan skanderade "nationalistiska uppviglande" ramsor och kastade sten, och att man därför var tvungna att ingripa.
Agerandet kritiseras från flera håll.
EU:s delegation på Västbanken och i Gaza säger i ett uttalande att polisens "onödiga våld" riskerar att "ge bränsle åt ytterligare spänningar".
FN:s generalsekreterare António Guterres är "djupt skakad" över hur "en del polis på platsen" betedde sig, enligt talespersonen Farhan Haq.
Guterres betonar vikten av att grundläggande mänskliga rättigheter respekteras, däribland rätten till "åsiktsfrihet och fredliga sammankomster".
USA:s utrikesminister Antony Blinken skriver på Twitter att den amerikanska regeringen är "djupt bekymrad" över "polisens intrång i begravningsprocessionen".
"Alla familjer förtjänar att få lägga sina nära och kära till ro på ett värdigt och obehindrat sätt", skriver han.
Sveriges utrikesminister Ann Linde skriver på Twitter att hon är chockerad över våldet och att det är viktigt att myndigheterna "strävar efter att minska spänningarna".
Militären utreder
Innan Shireen Abu Akleh på fredagen fördes till den sista vilan i Jerusalem fick hon på torsdagen vad som liknade en statsbegravning i Ramallah på Västbanken.
– Hennes röst gick in varje hem, förlusten av henne är ett sår i våra hjärtan, säger sörjande Hadil Hamdan.
Den erfarna Al Jazeera-journalisten sköts ihjäl i onsdags i samband med en israelisk räd i ett flyktingläger i staden Jenin.
Israels militär, som utreder dödsskjutningen, uppger i ett uttalande att det finns "två möjligheter" för varifrån den dödande kulan kom. Antingen träffades journalisten av beskjutning från palestinskt håll eller så träffades hon när en israelisk soldat besvarade elden från sitt fordon.