Enligt kustbevakningen ska olyckorna hänga ihop med det fina vädret som föranlett nya farliga försök att ta sig över Medelhavet från Afrika.
Överlevande från en båt som förliste i Maltas sök- och räddningsområde har berättat för myndigheterna att cirka 20 personer saknas.
Tidigare rapporterades tre personer saknade efter en annan förlisning i italienskt vatten, omkring 3 mil utanför Lampedusa, utanför Siciliens kust.
En kropp hittades senare från en tredje båt som förlist i Maltas vatten.
35 båtar har räddats
Alla tre båtarna påträffades av italienska myndigheter på söndag kväll och måndag. 1 200 personer räddades och fördes till Lampedusa, uppger kustbevakningen.
"Under i går kväll och fram till nu har 35 båtar räddats från enbart den tunisiska rutten", lyder ett uttalande som uppger att ytterligare ett 20-tal fartyg är kvar ute på havet.
Tidigare meddelade den tunisiska kustbevakningen att man under söndagen hittat 31 kroppar utanför städerna Sfax, Kerkennah och Mahdia. Bland de döda finns två kvinnor och två barn.
Hundratals döda
Resan över centrala Medelhavet mot Europa bedöms vara en av världens farligaste migrantrutter. De vanligaste avreseländerna är Libyen och Tunisien.
Hittills i år har fler än 500 människor, varav runt 50 barn, mist livet på Medelhavet, enligt FN:s migrationsorgan IOM. Italiens högerregering, med premiärminister Giorgia Meloni i spetsen, har också utlyst nationellt nödläge på grund av situationen.
Hittills i år har över 35 000 migranter anlänt till Italien. Under samma period ifjol kom omkring 8 600 migranter till Italien via Medelhavet.