Abes aska bars in till Nippon Budokan, där ceremonin hölls, av hans änka Akie. Utanför samlades tusentals människor för att hedra den tidigare premiärministern.
Premiärminister Fumio Kishida beskrev i ett minnestal Abe som en modig person.
– Jag känner hjärtskärande sorg, säger han vid en bild på Abe som satts upp för ceremonin, tillsammans med ett stort blomsterarrangemang, medaljer och den japanska flaggan.
Flera hundra gäster deltog i ceremonin. Många av dem utländska ledare, bland andra USA:s vicepresident Kamala Harris.
Mycket kontrovers
En av dem som samlats utanför Budokan var Koji Takamori, som kommit dit med sin son.
– Jag ville tacka honom. Han har gjort så mycket för Japan, säger han.
– För att vara ärlig kom jag också hit för att det har varit så mycket kontrovers. Det är nästan som att jag är här för att opponera mot dem som opponerar sig.
Abe kremerades i juli efter en privat begravningsceremoni i Tokyo kort efter mordet.
Beslutet att låta Abe få en statsbegravning har upprört. I en färsk undersökning säger 60 procent sig vara emot det. Statligt bekostade begravningar har sina rötter i kejsartiden och endast en tidigare premiärminister har fått det under efterkrigstiden – Shigeru Yoshida 1967.
Kritiker menar bland annat att skattebetalarnas pengar borde gå till andra ändamål, som att ta itu med ökande ekonomiska klyftor i landet.
Protester
Inte långt från ceremonin pågick även protester mot att Abe hedrades med en statsbegravning.
– Det finns människor som kämpar ekonomiskt som var särskilt utsatta under Abenomics-politiken. Vi får inte glömma det, säger Ryo Machida utanför Budokan.
Abenomics är namnet för Abes expansiva ekonomiska politik som syftade till att stimulera den stagnerade ekonomin under hans tid som premiärminister.
– Han må ha varit en stark ledare, men såhär i efter hand hade han nävar av järn och var antidemokratisk.
Shinzo Abe mördades den 8 juni under ett kampanjtal. Han var Japans längst sittande premiärminister, 2020 avgick han på grund av hälsoskäl.