Främst är det västra delarna av landet, på sydön Kyushu, som fått stora regnmängder med efterföljande översvämningar. Vissa delar har fått uppemot en meter regn de senaste tre dygnen.
Enligt statliga tv-kanalen NHK omfattar varningsnivå fem, den högsta, nu 1,5 miljoner människor. Japans meteorologiska myndighet, JMA, varnar samtidigt för mer regn de kommande dagarna.
– Folk måste se till att de kan sätta sig i säkerhet, säger en talesperson för JMA.