Det är framför allt prefekturerna Niigata, Yamagata och Aomori som har drabbats.
I Niigata fastnade hundratals bilar och lastbilar på vägarna, det rapporteras om stillastående fordon på sträckor över två mil. Volontärer har hjälpt till att förse de som suttit fast i sina fordon med mat och andra förnödenheter.
På tisdagen kunde trafiken åter börja köra på flera håll, men nya oväder väntas i regionen till helgen.
Enligt myndigheterna var över 10 000 hushåll, de flesta i Niigata, fortfarande strömlösa på onsdagsmorgonen.
Räddningsmyndigheter har rapporterat tre dödsfall och minst tio skadade personer i samband med snöovädret. En 85-årig man miste livet efter att ha fallit i ett dike när han snöröjde i staden Kashiwazaki i Niigata. I Hokkaido klämdes en 63-årig kvinna mellan två lastbilar som försökte ta sig ur snön och i Akita föll en 73-årig man till marken och omkom när han tog bort snö från ett tak.