Japanska myndigheter uppmanar omkring 200 000 invånare i fem regioner i att evakuera.
Två personer rapporteras saknade, uppger samordningsministern Hirokazu Matsuno.
Myndigheterna varnar för en ökad risk för jordskred och översvämningar. Tv-bilder visar bland annat en lerig massa med träd som sveper in i ett bergigt bostadsområde och bostäder som drabbats av översvämningar.
Vissa avgångar med höghastighetståget Shinkansen har också ställts in.