Premiärminister Yoshihide Sugas besked kommer samtidigt som trycket på sjukvården oroar allt mer. Parallellt med de pågående olympiska spelen har smittspridningen i Japan ökat kraftigt den senaste tiden, framför allt bland människor i medelåldern. Söndagens 4 058 nya registrerade fall innebar nytt rekord.
– Vissa nekas inläggning upprepade gånger, säger Hironori Saga, chef vid Showas universitetssjukhus, och tillägger att antalet tillgängliga sängar på hans sjukhus är nära noll.
– Mitt i ivern över OS är situationen för vårdpersonalen väldigt allvarlig, fortsätter han.
Delar av oppositionen kritiserar presidentens beslut, som de menar kan komma att leda till fler dödsfall.
– De kallar det "behandling hemma", men i verkligheten handlar det om "övergivande hemma", säger oppositionsledaren Yukio Edano, enligt tv-kanalen NHK.
Det japanska covidnödläget utökades på måndagen till att omfatta tre prefekturer nära Tokyo samt prefekturen Osaka. Ytterligare nödlägen i Tokyo och Okinawa har förlängts till den 31 augusti.
Landet har även börjat hänga ut personer offentligt för att de brutit mot gällande regler efter utlandsresor. Bland annat krävs två veckors karantän och att kontinuerligt rapportera om sitt hälsotillstånd.
På måndagskvällen offentliggjordes namnen på tre personer som brutit mot reglerna efter hemkomst till Japan.