Lunchen, och de bilder som kablades ut från den, är ett försök att visa att hur ofarligt det är att äta fisk från vattnen där atomkylvatten från kärnkraftverket Fukushima började släppas ut förra veckan.
Utsläppet på Japans östkust har mötts av oro och kritik, inte minst från Kina och Sydkorea. Men strålningsnivåerna ska vara extremt låga, och åtgärden har godkänts av Internationella atomenergiorganet (IAEA).
För att möta kritiken har industriminister Yasutoshi Nishimura inför tv-kameror köpt fisk i en affär i Fukushima medan Fumio Kishida besökt en fiskmarknad i Tokyo.
Och på onsdagen åt ministrarna flundra, bläckfisk och havsabborre, med grönsaker och ris från området runt kärnkraftverket.
– Det är viktigt att visa hur säkert det är att äta fisken och att resolut sprida den kunskapen utanför Japan, säger Nishimura.
Ryktet om faran efter utsläppet har inte bara drabbat fisk från japanskt vatten. Samtidigt med lunchen i Tokyo åt Sydkoreas president Yoon Suk-Yeol sin lunch i Seoul. Även där stod "farlig" fisk på menyn – sydkoreansk fisk.