Kishidas utspel på söndagen kom under ett besök i drabbade kärnkraftanläggningen Fukushima Daiichi.
– Jag är av den bestämda uppfattningen att vattenfrågan inte får försinkas, sade Kishida till reportrar vid besöket.
Kylvattnet från reaktorerna har lagrats sedan olyckan, orsakad av massiva jordbävningar och åtföljande tsunami, som 2011 drabbade kärnkraftverket vid staden Okuma.
Det lagrade kärnreaktorvattnet är tänkt att släppas ut i havet från våren 2023, en process som sedan kan ta decennier.
Men lokalbefolkning, fiskare och miljöbedömare motsätter sig beslutet. Även grannländer som Kina och Sydkorea är mycket kritiska till beslutet.
– Vi ska förklara säkerheten kring utsläppen utifrån ett vetenskapligt perspektiv och med full insyn, sade Kishida.
Japan har också begärt stöd från internationella atomenergiorganet IAEA i processen.