Landets meteorologiska institut säger att skalvet – som uppmätt en magnitud på 6,1 – hade sitt centrum i regionen Chiba, strax öster om Tokyo.
Jordbävningen satte byggnader gungning och en varning skickades ut till lokalinvånarnas telefoner.
Premiärminister Fumio Kishida uppmanar på Twitter boende i området att vidta åtgärder för att rädda liv och att följa utvecklingen. Regeringen i Japan har dessutom tillsatt en särskild räddningsenhet. Samtidigt uppgav tjänstemän att det inte fanns risk någon för tsunami direkt efter skalvet
USA:s geologiska myndighet USGS noterar magnituden 5,9 och att djupet på skalvet var drygt sex mil ned.