Public servicebolaget NHK meddelade på lördagen att minst två miljoner människor som kan bli utsatta omedelbart bör söka sig till säkra platser, sedan landets meteorologiska institut utfärdat "en speciell varning" om den kraftfulla stormen.
Lokala myndigheter i Kagoshima, Kumamoto och Miyazaki sade att nivå fyra för evakuering råder. I Kagoshima höjdes varningen till nivå fem, den högsta på meteorologiska institutets skala, vilket är mycket ovanligt.
Det nuvarande varningssystemet infördes 2013, och det är första gången en liknande varning utfärdas utanför den mer drabbade Okinawaregionen.
Stormen Nanmadol, en så kallad tyfon eller intensiv tropisk cyklon, väntas nå land under söndagen.