Den har fört med sig kraftiga regn som har lett till översvämningar i flera japanska floder.
Fram till lördag kväll väntas upp till 25 centimeter regn i delar av västra och centrala Japan.
Mer än 1,27 miljoner invånare i utsatta områden i centrala Japan varnas för översvämningar och lerskred och uppmanas att uppsöka evakueringscenter. I hamnstaden Wakayama uppges två människor ha svepts iväg med vattenmassorna, enligt public servicebolaget NHK.
I Tokyo har vissa skolor tvingats stänga under fredag eftermiddag och färjetrafiken i Tokyobukten har pausats för resten av dagen.
Runtom i de drabbade områdena har vägar svämmat över och tågtrafik ställts in. Tiotusentals hem är utan ström.
Mawar drog tidigare i veckan över Taiwan och Filippinerna.