Det är ännu inte bekräftat vilket kön nykomlingarna har.
När pandor får tvillingar brukar de bara ta hand om den ena. Därför har en av ungarna nu placerats i kuvös.
– Vi ska säkerställa att pandamamman diar den ena ungen medan vi har den andra i kuvösen, säger djurparkschefen Naoya Ohashi.
Pandaungarna kommer sedan att byta plats så att båda kan få mat av sin mamma.
När nyheten om att jättepandan sannolikt väntade ungar tillkännagavs tidigare i juni steg aktierna för närliggande matställen – eftersom nytillskotten väntas locka mängder av besökare.
Det finns omkring 1 800 jättepandor kvar i det vilda, enligt Världsnaturfonden WWF.
Kina lånar ut sina pandor till andra länder som en del av sin så kallade pandadiplomati.