En soldat misstänks ha öppnat eld mot kollegorna, men det är oklart vad motivet är.
En person har frihetsberövats, bekräftar regeringen.
Skottlossning på japansk militärbas
Två personer har skjutits till döds och en skadats på en armébas i Japans Gifuprefektur, uppger militären.
Japanska soldater i Gifu.
Foto: Kyodo/AP/TT
Så jobbar vi med nyheter