På lördagsmorgonen lokal tid störtade en mörk våg av lera och vatten nedför en höjd och demolerade byggnader och bilar i sin väg. Två personer har bekräftats döda.
Räddningsarbetet pågår men försvåras av de skyfall som orsakade jordskredet.
– Vi gör vårt bästa för att hitta överlevare så snabbt som möjligt samtidigt som vi måste vara försiktiga eftersom det fortfarande regnar, säger premiärminister Yoshihide Suga på ett krismöte med sina ministrar.
Regnsäsongen i Japan orsakar regelbundet översvämningar och jordskred men de skyfall som den senaste veckan drabbat huvudön Honshu har varit ovanligt intensiva. Public service-kanalen NHK rapporterade på söndagen om ytterligare sju jordskred inträffat runt om i landet och Suga varnar för att fler tillbud är att vänta.
– Den här regnfronten förväntas fortsätta orsaka kraftiga regn i många områden. Det finns en risk att jordskred kan inträffa även efter att regnet slutat, säger premiärministern.