Det var en turistbåt med 26 personer ombord som först larmade om en läcka under eftermiddagen, och därefter försvann.
I Japan tar det oftast lång tid att bekräfta dödsfall efter olyckor och naturkatastrofer, eftersom personer måste förklaras avlidna av obducent. Anhöriga måste också underrättas innan dödsfall offentliggörs.
Offren hittades i området där båten slog larm, som är ett svårt ställe att navigera på till följd av en klippfylld kustlinje.
Sökarbetet för de 16 passagerare som ännu inte hittats fortsätter.