Avfärden ses som ett stort steg i fredsprocessen i den svåra konflikten i landet, där vapenvila trädde i kraft den 2 april.
Planet från flygbolaget Yemenia med destination Amman i Jordanien hade 126 passagerare ombord, bland dem patienter som behöver behandling utomlands och deras anhöriga.
Sanaas flygplats har hållits stängd för kommersiell trafik sedan i augusti 2016 på grund av luftangrepp från saudiledda koalitionsstyrkor som strider mot Iranstödda Huthirebeller.
Jemen har varit i krig sedan 2015, ett år efter att Huthirebellerna intog huvudstaden Sanaa. Omkring 3,3 miljoner människor har sedan dess tvingats på flykt och hungersnöden är stor. FN har beskrivit läget i Jemen som världens värsta humanitära katastrof.