Över 3 000 högernationalister har anslutit sig till flaggmarschen och tågar genom Jerusalems gamla stadskärna. Folkmassan har bland annat passerat Damaskus-porten och Västra muren på sin väg.
Flera butiker i stadskärnan har fått order om att stänga tillfälligt tills marschen passerat och över 2 000 poliser har mobiliserats. Flera större vägar har även stängts av.
Både inför och under marschen protesterade hundratals palestinier i östra Jerusalem mot manifestationen. Enligt israeliska Haaretz använde polisen tårgas och gummimantlade kulor mot demonstranterna. Tidningen uppger även att 17 palestinier frihetsberövats.
Enligt palestinska Röda halvmånen ska över 30 personer ha skadats i samband med protesterna, sex av dem vårdas på sjukhus. Israeliska myndigheter meddelar även att två poliser skadats i samband med demonstrationerna.
"Farliga konsekvenser"
FN:s Mellanösternsändebud Tor Wennesland konstaterar på Twitter att spänningarna i Jerusalem stiger vid "en väldigt skör och känslig" politisk och säkerhetsmässig tidpunkt och uppmanar alla parter att agera ansvarsfullt.
Flaggmarschen är den första prövningen för landets nytillträdda regering, men Israels minister för inrikes säkerhet Omer Bar-Lev uppger att polisen är redo.
"Vi kommer att göra allt i vår makt för att bibehålla den sköra tråden av samexistens" skriver hans kontor inför paraden.
Marschen skulle egentligen ha hållits i maj som en del av firandet av Jerusalemdagen, men sköts upp på grund av den uppblossade konflikten mellan Israel och Hamas. Raketer avfyrades från Gaza mot Jerusalem och elva dagar av stridigheter inleddes innan ett eldupphör kunde träda i kraft.
Skickar ballongkonstruktioner
Att israeliska myndigheter gav marschen grönt ljus har fått Hamas, den terrorstämplade islamistiska organisation som styr Gaza, att utlysa en "vredens dag" i Gaza och på Västbanken.
Den palestinske premiärministern Mohammad Shtayyeh har också varnat för att beslutet att tillåta marschen kan få "farliga konsekvenser".
Palestinska protester har utlysts i Gaza och såväl Hamas som den palestinske presidenten Mahmud Abbas parti Fatah har manat palestinier att ta sig till Jerusalems gamla stad för att visa sitt missnöje.
Från Gazaremsan skickades under dagen flera hemmagjorda ballongkonstruktioner över gränsen till Israel med avsikt att sätta eld på skog och mark. Runt 20 mindre bränder uppstod enligt israeliska myndigheter som en följd.