Gasen kom från en tank som sprang läck när den föll till marken.
"En klorgasläcka uppstod när en tank föll och exploderade" bekräftade myndigheter sent på måndagen.
Tanken innehöll omkring 30 ton enligt myndigheter.
Videoinspelningar på sociala medier visar hur en stor tank lyfts av en kran från en lastbil, för att sedan släppa den stora behållaren på ett fartygsdäck. Behållaren exploderar och tjock gul rök sprids. Hamnarbetare fick fly för sina liv.
Över 250 skadades på grund av läckan och de flesta av dem vårdades på sjukhus för skador, rapporterar det statliga tv-bolaget Mamlaka.
Lokala myndigheter ombad människor att hålla sig hemma och stänga fönster på grund av gasspridningen.
Aqaba ligger i norra delen av Röda havet, alldeles invid israeliska Eilat där man noggrant följer utvecklingen av gasutsläppet.