New Delhi kallar anklagelserna för "absurda". Det uppger landets utrikesminister i ett uttalande.
Som svar på anklagelserna meddelar Indien på tisdagen att man även utvisar en kanadensisk diplomat från landet.
Den kanadensiske premiärministern Justin Trudeau säger att han tog upp frågan kring mordet på Hardeep Singh Nijjar under ett möte med Indiens premiärminister Narendra Modi förra veckan, med en önskan att klargöra saken.
Enligt Trudeau utreder Kanada "trovärdiga" uppgifter om att indiska agenter haft en roll när Singh Nijar ledaren sköts till döds i juni utanför ett sikhiskt tempel stadsdelen Surrey i Vancouver. Den sikhiska ledaren levde sedan en tid i exil i landet.
I samband med de nya uppgifterna har även Kanada utvisat en indisk diplomat. Landet bröt nyligen också förhandlingarna om ett frihandelsavtal med Indien.