"Vi katolska biskopar i Kanada uttrycker vår djupa ånger och ber otvetydigt om ursäkt" står det i uttalandet som presenterades på fredagen.
Uttalandet kommer mindre än en vecka före den 30 september – den nationella dag för sanning och försoning som instiftats för att hedra de barn från ursprungsbefolkningen som försvunnit och de som överlevt internatskolorna.
"Pågående trauma"
Biskoparna skriver att flera katolska samfund och stift varit del av det system som lett till att man tryckt ned ursprungsbefolkningens språk, kultur och tro.
"Med sorg erkänner vi det historiska och pågående traumat och det arv av lidande och utmaningar som ursprungsbefolkningen möter än i dag".
Kanada har under det gångna året tvingats ta itu med hur man tidigare behandlat landets ursprungsbefolkning, efter att kvarlevor från omkring 1 150 barn hittats i omärkta gravar vid före detta katolska internatskolor.
Cirka 150 000 barn från Kanadas ursprungsbefolkningen tvingades gå i skolorna mellan 1831 och 1996. Många av dem har sedan dess vittnat om vanvård och övergrepp.
Ska träffa påven
I juni i år bad premiärminister Justin Trudeau å regeringens vägnar om ursäkt för hur ursprungsbefolkningen behandlats. Han vädjade då till påve Franciskus att också be om ursäkt, en önskan som även framförts av grupper från ursprungsbefolkningen.
Biskoparna skriver att en delegation från den kanadensiska ursprungsbefolkningen kommer att resa till Vatikanen i december för att träffa påven.