Påven togs på söndagen emot på Edmontons internationella flygplats av Kanadas premiärminister Justin Trudeau.
Förhoppningen är att resan ska bidra till läkning och försoning.
– Vi ska alla vara medvetna om att detta är en botgöringsresa, sade Franciskus ombord på påveplanet under den tio timmar långa resan från Rom till Edmonton. Det är just under sådana flygturer som påven ger intervjuer till internationell press som följer med på planet.
Sen ursäkt
Omkring 150 000 barn ur Kanadas ursprungsbefolkning var från slutet av 1800-talet och fram till omkring 1990 inskrivna på 139 katolska internatskolor runt om i landet, med syftet att tvångsassimileras.
Den 85-årige Franciskus anser att den katolska kyrkans roll i övergreppen har liknat ett "kulturellt folkmord".
Påven vill be om ursäkt till överlevarna. Under vistelsen kommer han bland annat att besöka Maskwacis, cirka 10 mil söder om Edmonton, för att tala inför en publik om cirka 15 000 personer. Flera i publiken kommer vara tidigare elever på internatskolorna.
Många anser dock att ursäkten är sen.
– När jag gick i skolan förlorade jag mycket av min kultur, min härkomst. Det är många år av förlust, säger en tidigare elev.
Tusentals dog
Barnen tillbringade månader isolerade från sina familjer, sitt språk och sin kultur. Många utsattes för fysiska och sexuella övergrepp.
Tusentals misstänks även ha dött av sjukdomar, undernäring eller vanvård. Sedan maj 2021 har 1 300 omärkta gravar hittats vid skolorna.
Påven spenderar en vecka i Kanada och besöker också Quebec och Iqaluit.