Det skriver paret gemensamt på Instagram.
"Efter många djupa och svåra samtal har vi fattat beslutet att separera", skriver de.
De har varit gifta sedan 2005 och har tre barn. Enligt ett uttalande från premiärministerns kansli kommer paret att fortsätta att träffas och ha gemensam vårdnad om barnen.
"Kanadensarna kan förvänta sig att ofta se familjen tillsammans. Familjen kommer att tillbringa semestrar ihop med start nästa vecka", skriver kansliet.