Det gäller omkring 300 000 personer. För de som inte kan vaccinera sig av medicinska skäl kommer testning och andra åtgärder att införas.
Den federala regeringen är Kanadas största arbetsgivare.
– Vi förväntar oss att federala tjänstemän kommer att vilja följa detta obligatoriska krav, säger ministern Dominic LeBlanc på en presskonferens.
– Det här är det bästa sättet att få slut på pandemin och för ekonomin att hållas i gång på ett säkert sätt.
Enligt transportminister Omar Alghabra kommer anställda inom den federala flyg-, tåg- och marina sektorn också att behöva vaccinera sig, såväl som vissa passagerare.
I fredags var 62 procent av Kanadas 38 miljoner invånare fullvaccinerade mot covid-19.